Bandaraya Melaka terletak berhampiran muara Sungai Melaka yang mengalir ke Selat Melaka. Kawasan bandar bersejarah yang terletak berhampiran dengan pantai, termasuk Bukit St Paul dengan runtuhan kubu Portugis, A Famosa. Bandar Melaka telah berkembang dalam semua arah dari teras bersejarah ini, termasuk ke selatan (kerana pantai Selat Melaka sekarang agak lagi ke selatan daripada lokasi asal disebabkan penambakan tanah). Bandaraya Bersejarah Melaka juga berkembar dengan lima buah bandar terkemuka yang lain iaitu - Lisbon, Portugal (16 Januari 1984), Kuala Lumpur, Malaysia (15 April 1989), Hoorn, Belanda (8 November 1989), Valparaiso, Republik Chile (24 June 1991) dan Nanjing, China (2001).